Башкирская академия государственной службы и управления при Президенте Республики Башкортостан сегодня занимает достойное место в образовательном пространстве республики. Несмотря на то, что история Академии насчитывает всего 18 лет, она накопила богатые традиции в подготовке управленческих кадров Башкортостана.
Создание Академии в начале 90-х годов было вызвано необходимостью в формировании качественно новой, современной подготовки работников государственного аппарата и специалистов-управленцев хозяйственных структур.
При поддержке Президиума Верховного Совета и Совета Министров Башкирской ССР учреждение было образовано в 1991 году как Башкирская коммерческая академия (в 1992 году преобразована в Башкирскую академию управления). связи с Указом Президента РБ Муртазы Рахимова "О государственной кадровой политике" от 29 августа 1994 года, Башкирская академия управления была преобразована в Башкирскую академию государственной службы и управления при Президенте Республики Башкортостан.
Академия непосредственно причастна к решению проблемы конкурентоспособности системы подготовки, профессиональной переподготовки и повышения квалификации, а посредством этого — и повышения конкурентоспособности государства в целом.
В БАГСУ, как и во многих подобных учебных заведениях мира, преимущественно работают ведущие профессора и доценты, привлекаемые из других вузов, научно-исследовательских институтов и практики, работающие в органах государственной власти и управления. На научную работу приглашаются ученые, имеющие опыт исследовательской работы в системе Академии наук. Такой курс был взят с первых дней работы Академии.
Академия осуществляет подготовку по программам высшего профессионального образования по таким традиционным для себя специальностям как: «Государственное и муниципальное управление», «Юриспруденция», «Менеджмент организации». В последние годы были открыты новые специальности: "Маркетинг", «Бухгалтерский учет, анализ и аудит», "Финансы и кредит", «Антикризисное управление», «Документоведение и документационное обеспечение управления».
БАГСУ является участником Федеральной программы подготовки управленческих кадров для организаций народного хозяйства Российской Федерации совместно с ведущими вузами республики — Уфимским государственным авиационным техническим университетом и Уфимским государственным нефтяным техническим университетом по специальностям: «Стратегический менеджмент», «Антикризисное управление», «Финансовый менеджмент», «Маркетинг», «Производственный менеджмент», «Инновационный менеджмент».
Здесь, кроме того, ведется профессиональная переподготовка по современным коммерческим программам: «Общий аудит», «Оценка недвижимости», «Антикризисное управление», «Оценка рыночной стоимости недвижимости и переоценка основных фондов», «Юридические основы операций с недвижимостью», «Финансовый менеджмент». Ведется также обучение деловому иностранному языку. В 2004 году был открыт факультет профессиональной переподготовки для государственных и муниципальных служащих.Академия поддерживает тесные научные связи с Российской академией государственной службы при Президенте Российской Федерации, Северо-Западной академией государственной службы, Уральской академией государственной службы. Регулярно организует социальные исследования по заданиям Администрации Президента РБ, Государственного Собрания — Курултая РБ, министерств и ведомств республики, научно-практические конференции, семинары, «круглые столы», в том числе — международные. БАГСУ тесно сотрудничает с зарубежными высшими учебными заведениями, является членом международной организации институтов и школ государственной службы стран Центральной и Восточной Европы "NISPAcee".
В составе Академии находится и Научно-исследовательский центр проблем управления и государственной службы, созданный в целях координации научных исследований и повышения оперативности в выработке научных рекомендаций.
В сфере научных интересов Академии находятся деятельность органов государственной власти и управления, органов местного самоуправления, различные аспекты их взаимодействия, а также их взаимоотношения с институтами гражданского общества, включая управленческие, социально-экономические, политико-правовые и другие.